На основании Приказа ЦОУО № 735 от 23.07.2010 «О переводе государственных образовательных учреждений системы ЦОУО ДО в режим базовых учреждений по профильному обучению как инновационных комплексов в системе образования»
 
   ГОУ СОШ № 1388 является базовой школой по естественно-научному профилю обучения. В школе организована подготовка к ЕГЭ для школьников ЦАО по предметам профилизации: биологии, географии, химии. Занятия ведут учителя высшей квалификационной категории:
 
1. Кондратьева Елена Юрьевна (биология);
 
2. Маслов Федор Александрович (география);
 
3. Червина Виктория Владленовна (химия).
 
  Также учащиеся школы имеют возможность посещать занятия по другим предметам в школах ЦАО, руководствуясь Расписанием занятий по подготовке к ЕГЭ в школах Центрального округа в 2011 году.